养殖场产生的粪污排放造成地表水、地下水、土壤和环境空气的严重污染， 直接影响了人们的身体健康，而未经处理的粪污中含有大量污染物质， 若此种有机废水直接排入或随雨水冲刷进入江河湖库，大量消耗水体中的溶解氧，使水体变黑发臭，造成水体污染。
粪污水中含有大量的n、p 等营养物是造成水体富营养化的重要原因之一， 排入鱼塘及河流使对有机物污染敏感的水生生物逐渐死亡， 严重者导致鱼塘及河流丧失使用功能。
根据养殖废水高生化性的特点，生化处理技术越来越多的出现在了养殖废水处理中，生化处理根据其工作原理的不同可以分为：厌氧生化处理、好氧生化处理和自然处理法。
①厌氧生化处理
厌氧生物处理技术即为在厌氧状态下，污水中的有机物被厌氧细菌分解、代谢、消化，使得污水中的有机物含量大幅减少，同时产生沼气的一种高效的污水处理方式。在厌氧处理过程中，废水中的有机物经大量微生物的共同作用，被最终转化为甲烷、二氧化碳、水、硫化氢和氨等。
常用的方法有：混合式厌氧消化器(CSTR)、厌氧接触反应器、厌氧滤池(AF)、上流式厌氧污泥床(UASB)、厌氧流化床(AFB)、升流式固体反应器(USR)等。目前国内养殖场废水处理主要采用的是上流式厌氧污泥床及升流式固体反应器工艺。
②好氧生化处理
好氧处理的基本原理是利用微生物在好氧条件下分解有机物，同时合成自身细胞(活性污泥)。在好氧处理中，可生物降解的有机物最终可被氧化为简单的无机物。
